Después de que el agente Kim Hyun-jun fuera asesinado por un francotirador del agente de IRIS Ray, IRIS entró en remisión para recuperarse y realizar un reconocimiento. Han pasado tres años desde entonces y NSS ya no es una división secreta de operaciones ilegales como lo fue antes, ahora es una entidad pública para el mundo. Soo-Yeon, que ha amado a Yoo-Gun desde que eran pequeños, también comienza a trabajar como agente de NSS. Choi Min es nombrado nuevo subdirector de NSS. Su único propósito es derribar IRIS.